Buena pregunta. Hay varias razones, que vamos a ir comentando una a una.
Pero antes de nada, vamos a usar varios términos, que no tienen por qué ajustarse a todos los programas de correo. Pasamos a comentarlos:
[Nota: lo que sigue es una adaptación del conocido documento Reply-To Munging Considered Harmful. An Earnest Plea to Mailing List Administrators, petición que asumimos plenamente.]
Una lista sin el reply-to activado no es más difícil de manejar, leer o responder. Cualquier cliente de correo que sea mínimamente conocido y bueno tiene la funcionalidad "reply all", usándolo, respondemos a la lista, de la misma forma, que si esta tuviera el reply-to apuntando a la propia lista y usáramos la función "reply".
En las listas con el reply-to activado, te impide contestar a el/la autor/a de forma rápida, tienes que buscar la cabecera y copiar la dirección. De la otra forma, puedes contestar a el/la autor/a (con la función reply normal) o contestar a la lista (con la función reply-all).
La elección de donde tienen que ir mis correos es mía, no del administrador de la lista. Yo decidiré si quiero mandarla a la lista o a el/la autor/a o a otra persona. Es una funcionalidad que quita o dificulta la libertad de envío a el/la emisor/a.
Hay algunas veces que mandas un correo desde una cuenta que no usas, o que quieres escribir desde una cuenta, pero que te respondan a otra (por ejemplo con la opción de los alias de correo), para eso, lo que haces es activar el reply-to (en tu cuenta, no en la lista) en tu programa de correo, y así todo el mundo que conteste lo hará a la dirección que tú decidas. Usando esta modalidad, si mandas un mensaje a una lista con el reply-to activado, el resto de componentes de la misma sólo verá la cuenta desde la que lo envías, no la cuenta a la que quieres que te respondan. Esto es así porque el reply-to de la lista, machaca el resto de reply-to que hayas configurado personalmente.
Queda claro, con qué opción es más fácil el manejarse con el correo y las listas de distribución.
Si no estás muy atento, puedes responder a un mensaje de forma personal, pero que este llegue a toda la lista, si está activado el reply-to. Es mucho más seguro el que, puedas confundirte y mandar un mail a la lista como privado, que al contrario.
El que mandes el mensaje a el/la autor/a y a la lista (funcionalidad del "reply all") es un detalle hacia el/la emisor/a. Le llega antes que a nadie (si es un servidor de correo lento el que gestiona la lista) y si la otra persona tiene configurados los filtros, habrá una copia que siga el filtro, pero otra, le llega al "inbox", con lo cual leerá el mensaje mucho más cómodamente.
Aparte, si esa persona tiene configurado el recibir mails en formato "digest", esto es, que le lleguen todos los mensajes en uno solo, al cabo del día, con la opción "reply-to" cancelada, le llega la copia a su buzón y puede contestar de forma más cómoda y rápida (que no ocurriría si tiene que esperar a que le llegue el "digest").
El estándar RFC 2822 especifica que al reenviarse un correo (la exclusiva función de una lista) no deben alterarse las cabeceras "From:", "Reply-To:" o "Message-ID:". Esto es justo lo que hace una lista de correo con el reply-to activado. Se hace para buscar una facilidad para los usuarios, tratándoles como niños sin enseñarles cómo deben actuar y configurar sus correos.