El MST tiene una estructura jerarquizada en órganos de gobierno, en la que las decisiones van de arriba abajo, pero las solicitudes salen de la base. Desde los asentamientos, en las reuniones periódicas, es donde se decide cuales son las necesidades de la comunidad.

Dentro de un estado los asentamientos se dividen en regionales, y estas en municipalidades. Es decir, un asentamiento se agrupa con otros cercanos en una municipalidad, que a su vez se agrupa en regional, y estas forman la estructura estadual.

Cada municipalidad tiene un militante asociado que es el que acude a las reuniones de cada comunidad y lleva las peticiones que cada asentamiento realiza al siguiente órgano de la estructura que sería la reunión de militantes de una regional, compuesta por varias municipalidades cercanas. El siguiente paso sería la reunión estadual, a la que acuden los representantes de las regionales. Por último existe la Comisión Coordinadora Nacional en la que participa un representante de cada estado.

En el MST no hay funciones de presidente, secretario ni tesorero. Cada cinco años se convoca el Congreso Nacional, que representa el órgano máximo de gobierno. Anualmente se convocan asambleas nacionales y estaduales.

Actualmente el MST está empezando a implementar un nuevo sistema de representación para aumentar la participación de las personas en la vida política del asentamiento. Cada 25 familias tienen un representante y cada 20 de estos eligen a un delegado de las 500 familias. De esta manera aumenta el número de personas liberadas y la participación. Esto es así debido a que la represión que está sufriendo el MST es mucho más fuerte y se necesita más representación y participación por parte del personal. Promulgan la participación de todas las gentes, que adquieran tareas en la base, desde el asentamiento, para evitar su acomodamiento; que sea como en el acampamento, donde todos participan.